Construida en la década de 1920, debe su nombre a haber sido construida por el hacendado cafetalero Miguel Dueñas.

En 1922, el Ministerio de Hacienda adquirió la Casa Dueñas como pago por deudas fiscales de su propietario original. La casa estuvo desocupada durante años. Después, entre 1930 y 1933, fue arrendada por la Delegación diplomática de la República Mexicana. De 1935 a 1957, la Legación de los Estados Unidos alquiló la casa para residencia de los ministros plenipotenciarios. Y vivieron allí seis representantes diplomáticos norteamericanos, con huéspedes ocasionales como los ex presidentes Richard Nixon y Lyndon B. Johnson, así como el senador Robert Kennedy y los artistas de cine Clark Gable y Tony Curtis.

Luego fue sede temporal de una agencia de publicidad. Desde 1960 permaneció desocupada y en total abandono, hasta 1973 año en que se instaló el Departamento de Formación Profesional del Ministerio de Trabajo, que permaneció hasta finales de 1986, cuando ya la estructura había sido declarada Bien Cultural mediante Acuerdo Ejecutivo del 8 de mayo de 1985. Fue entonces que este ministerio traspasó el inmueble a las autoridades del Ministerio de Educación, a fin de que se estudiara la posibilidad de un proceso de restauración y rehabilitación.

Con el paso de los años, la estructura se deterioraba y los saqueadores dejaron prácticamente destruido el inmueble.

En el año 2001 se iniciaron los trabajos de restauración. Gracias a los esfuerzos del Dr. Alfredo Martínez Moreno ex director de la Academia Salvadoreña de la Lengua, y la Real Academia Española. Que en base a un Convenio Multilateral de Asociaciones de Academias de la Lengua Española, firmado por El Salvador en Bogotá Colombia, dice en su literal segundo de dicho convenio de la siguiente manera: Art. nº 2 - Cada uno de los Gobiernos signatarios se compromete a prestar apoyo moral y económico a su respectiva Academia Nacional de la Lengua Española, o sea a proporcionarle una sede digna y una suma anual adecuada para su funcionamiento. Es por ello que lograron un acuerdo legislativo que este monumento histórico fuese dado en comodato a la Academia Salvadoreña de la Lengua, en 50 años renovable ver datos en el Diario Oficial de El Salvador. Ya en2004, la antigua Casa Dueñas había sido ya restablecida y ostentaba su belleza original. Actualmente es la sede de dos instituciones, Academia Salvadoreña de la Lengua, Correspondiente de la Real Academia Española y la Academia Salvadoreña de la Historia, que promueven la cultura del idioma castellano y de la historia respectivamente. Su nueva presentación aloja equipos informáticos, bibliotecarios y una ludoteca, así como adecuado mobiliario, donados por el gobierno de España, la Real Academia Española y por la Ex CONCULTURA. La Casa Dueñas, Academia Salvadoreña de la Lengua.